Muhammad bin Abu Bakar As-Siddiq dilahirkan daripada isteri Abu Bakar As-Siddiq yang bernama Asma' binti Umais pada tahun ke-10H. Pada masa masa Haji Widak , Abu Bakar mendukong anaknya ketika dalam ihram. Abu Bakar wafat saat Muhammad masih lagi kecil. Ali bin Abu Talib kemudiannya telah mengahwini ibunya, Asma' binti Umais dan oleh itu Muhammad membesar sebagai dibawah jagaan Ali. Dengan Asma' binti Umais itu, Ali mendapat anak lain bernama Yahya, Aun dan ada riwayat mengatakan seorang lagi yang juga diberi nama Muhammad.
Ketika zaman penuh dengan fitnah, Ali sedang menjabat sebagai Khalifah berpusat di Kufah, baginda telah mengirimkan Muhammad menjadi gabenor di sana.
