Nizamul Muluk At-Tusi dibunuh seorang Hasysyasyin.

Ketika Nizamul Muluk At-Tusi telah menjadi tua dan umurnya 77 tahun, dia banyak dibantu oleh anak-anaknya  serta kerabatnya dalam mentadbir wilayah-wilayah dalam Kerajaan Saljuq. Di kalangan mereka, ada yang bersikap lebih sudu dari kuah dan menimbulkan ketidakpuasan hati kalangan rakyat. Mereka hanya bergantung dengan reputasi Nizamul Muluk At-Tusi. Keadaan yang sedemikian menjadikan para pendengki Nizamul Muluk At-Tusi menghasut Sultan Maliksyah. Sultan Maliksyah dikatakan bercadang untuk memecatnya tetapi, dia tidak berani mengambil langkah itu. Apa yang dia boleh lakukan hanyalah menulis surat kepada Nizamul Muluk At-Tusi yang mengandungi ancaman dan ugutan. Namun, ketika surat itu sampai kepada Nizamul Muluk At-Tusi, dia pun berkata kepada utusan Sultan Maliksyah:

" Katakan kepada Sultan, jika kamu tidak tahu bahawa aku adalah rakan longsimu dalam pemerintahan, maka aku berutahumu bahawa dia tidak sekali-kali mendapat tampuk pemerintahan melainkan dengan bantuan pentadbiranku dan pandangan-pandanganku. Tidakkah dia tahu, dulu ketika ayahnya dibunuh, akulah yang telah bangkit mengatur pentabiran negara dan  menghancurkan puak-puak penentangnya dari kalangan keluarganya sendiri serta lain-lain...."

Maka, Sultan Maliksyah membiarkannya sehingga Nizamul Muluk At-Tusi dibunuh oleh seorang pembunuh yang menyamar sebagai seorang sufi . Dia merupakan anggota kumpulan Hasysyasyin yang menganut mazhab Batiniyyah Ismailiyyah. Sang pembunuh itu berpura-pura datang mengadu kesnya dan minat diadili. Bila dia mendekati wazir tua yang bijaksana itu, dia pun mengeluarkan pisaunya dan menikamnya sehingga seketika itu juga jatuhlah rebah. Sang pembunuh itu pun kemudiannya ditangkap dan dibunuh. Namun, Wazir Nizamul Muluk sudah tidak dapat diselamatkan dan dia meninggal pada tanggal 10 Ramadhan tahun 485H/1092M.

Takdir Allah, 35 hari selepas kematian Nizamul Muluk At-Tusi itu, iaitu pada tanggal 15 Syawal tahun 485H/1092M, meninggallah pula Sultan Malik Syah. 

Kehilangan dua tokoh hebat dalam kerajaan Saljuq ini menajdi titik sejarah kemerosotan zaman kegemilangan Kerajaan Saljuq.